日本語ファイル名のファイルをWEBサーバにアップロードして、そこから日本語ファイル名のままファイルをダウンロードさせたい、アクセスさせたい、ということは割とよくあると思います。
よくわからない文字列に変換されてしまうと、サーバーからも探しにくいですし。

で、ローカルはWindows、でもWEBサーバはLinux、という割とよくあるパターンの場合、Windowsのファイル名の文字コードはShift_JIS、Linux側のファイル名の文字コードはUTF-8のため、何も考えずファイルをFTPでアップロードすると文字化けが発生します。
文字化けというか、サーバ側でもSfift_JISの文字コードの日本語ファイル名で保存されます。

この場合、当該ファイルが「テスト.html」だとすると、
UTF-8にURLエンコードしたURL(http://localhost/%e3%83%86%e3%82%b9%e3%83%88.html)にアクセスしても「404 not found」でうまくいきません。
Shift_JISにURLエンコードしたURL(http://localhost/%83e%83X%83g.html)にアクセスするとうまくいきます。

UTF-8でアクセスしたい場合は、FFFTPの文字コードの設定を、
・ローカル…Sfhit_JIS
・ホスト(サーバ)…UTF-8
にした後、日本語ファイル名のファイルをFFFTPでアップロードします。

こうすれば、UTF-8にURLエンコードしたURL(http://localhost/%e3%83%86%e3%82%b9%e3%83%88.html)にアクセスすると問題なく表示されます。

文字コード、邪魔くさいですね……。
日本語というかマルチバイト文字がコンピュータの世界で冷遇されるの、なんとかもうちょっとならないかな、と思います。